Церковь Михаила Архангела – это первый каменный храм в Ейске. Согласно письменным упоминаниям, строительство каменного собора началось в 1859 г., то есть всего через 11 лет после основания Ейска. Возведение церкви закончилось в 1865 г. Храм был освящен в честь тезоименитства основателя города князя Воронцова Михаила Семеновича.

Со слов современников, в то время это был самый большой храм на севере Кубани. Церковь имела пять сияющих на солнце куполов, колокольню, построенную в 1876 г., 56 окон и колокол весом 58 пудов. Высота церкви до крестов составляла 25 м. Через некоторое время вокруг храма образовался  красивый Михайловский сад. Немного позже при соборе были построены церковная сторожка и церковно-приходская школа.

В 1938 г. с приходом советской власти церковь Михаила Архангела, как и другие храмы Кубани, была уничтожена до основания. В 1932 г.  большевиками были сброшены наземь колокола и кресты, сняты маковки и уничтожена колокольня. После на крыше установили смотровую и танцевальную площадки.

Возрождение церкви Михаила Архангела началось только в 1992 г. Была основана церковная община, которая добилась вернуть в церковное ведение чудом сохранившуюся церковную сторожку (в ней размещалась библиотека для детей). В 1996 г. останки сторожки были переданы в ведение церковной общины, после чего началась ее реконструкция и преобразования в церковь. Инициатором реконструкции храма выступил архимандрит Серафим.

Торжественное освящение церкви состоялось в 1997 г. С того времени в храме регулярно начали проводиться богослужения. При храме действует воскресная школа для детей, где они изучают Закон Божий и познают азы церковной грамоты. Возле церкви Михаила Архангела появился сказочный парк с прекрасным прудом и необыкновенным водопадом.